木瓜肽酶水解温度55度 , pH值为7，对光、热、重金属敏感，因此限制了它的使用面。氨肽酶是一种能够对多肽类的键自N-末端连续水解的外肽酶，羧肽酶A对大部分的水解有催化作用，羧肽酶B则仅对C端有赖氨酸和的多肽键进行水解。因此，木瓜肽酶非常适合用于生产低肽类食品，水解度高，底物水解后氨基肽氮高，得率高。

木瓜蛋白酶在肉类嫩化的应用：牛肉、羊肉或猪瘦肉切薄片或小块，按200U/g~400U/g肉将本品添加到清水或其他腌制料中，常温下腌制30~50min或在40~60℃下腌制10~25min，可使粗糙、老硬的肉类变得细嫩爽滑、鲜美醇厚。

木瓜酶在面团中水解肽键除了能起上述作用外，还能使饼干制作节省糖油。这是因为面团中的蛋白分子相当大，油脂和糖分子相对较小，在打面团过程中油脂和糖分子蛋白质分子内部，通过分子间的作用，将蛋白质大分子撑松。木瓜酶水解肽键，使吸纳于蛋白质分子中的油脂和糖浮上表面，让人感觉饼面较油润，味较甜， 即使少下一点油糖持原有的感官较果。这样做不但符合要求，而且还可延长保质期和货架寿命，降低成本，增强市场竞争能力。