菠萝蛋白酶又称菠萝酶。由菠萝汁、皮等提取的巯基蛋白酶。品质好的菠萝蛋白酶是利用菠萝的中茎加工，采用超滤方法进行过滤浓缩，低温冷冻干燥而得的。产品已被广泛应用于食品行业。

菠萝蛋白酶白色至浅棕黄色无定形粉末。溶于水,水溶液无色至淡黄色,有时有乳白光, 属糖蛋白。作用原理是使多肽类水解为低分子量的肽类。尚有水解酰胺基键和酯类的作用。

菠萝蛋白酶在其它食品加工业中的应用，有人已经用菠萝蛋白酶来增加豆饼和豆粉的PDI值和NSI值，从而生产出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷类食物和饮料。其它还有生产脱水豆类、食品和人造黄油;澄清苹果汁;制造软糖;给日常食品添味等。