菊粉分子约由31个β-D-呋喃果糖和1~2个吡喃菊糖残基聚合而成，果糖残基之间能通过β-2，1-键连接。是由D-果糖经β（1→2）糖苷键链接而成的线性直链多糖，末端常带有一个葡萄糖残基，聚合度（DP）为2~60，其中平均聚合度DP≤9的菊粉又称为短链菊粉，从天然植物中提取的菊粉同时含有长链与短链。菊粉的分子式表示为GFn，其中G代表终端葡萄糖单位，F代表果糖分子，n代表果糖的单位数。

菊粉在食品工业中的应用：
(1) 巧克力 制品代糖品
菊粉作巧克力制品的代糖品时，无须调整加工工序。如与山梨糖醇结合使用，更好。
(2) 改进低脂干酪特性和口感
菊粉可稳定水或脂肪的结构，改进干酪的特性(如涂抹性)和口感，同时可替代乳清蛋白或淀粉衍生物。
(3) 膳食纤维，为牛奶、酸奶、乳品饮料和大豆制品等低脂食品提供全脂产品样的口感，提高营养价值，带来好的口味。
(4) 生产低脂肉制品
替代低脂肉制品的油脂，改进肉制品结构如法兰克福肠。
(5) 降能食品
(6) 替代奶油及冰棋淋的油脂
菊粉可使水形成奶油、油脂一样的口感，故可替代油脂。生产低脂、脱脂乳或蔬菜奶油，还可替代冰淇淋和其它类似产品的油脂。